A observância da hierarquia e da disciplina não afasta o respeito aos princípios constitucionais e as garantias processuais que são asseguradas a todos os acusados e aos litigantes em geral, em processo administrativo ou judicial. Todos possuem o direito de terem uma defesa, com a produção de provas e a presença de um advogado. 

   A Constituição de 1988 estabeleceu garantias que se aplicam a qualquer ramo do direito. Não mais se admite punições que não respeitem o princípio da legalidade ou que violem os procedimentos previamente estabelecidos. O Supremo Tribunal Federal de forma reiterada tem reconhecido a nulidade dos processos administrativos que não asseguram aos acusados a ampla defesa e o contraditório, que somente é exercida de forma efetiva com a presença de um advogado regularmente inscrito nos quadros da Ordem dos Advogados do Brasil. 

   As normas militares anteriores a 5 de outubro de 1988 e que estejam em desacordo com o vigente texto constitucional não possuem mais eficácia. A qualquer momento o militar (federal ou estadual) que tiver um direito constitucional violado poderá buscar a proteção do Poder Judiciário, Militar ou Civil, com base no art. 5 º, inciso XXXV, da CF. 

   A construção de uma sociedade, justa, fraterna e igualitária, se faz com a união de todos os seus segmentos civis ou militares. O respeito a lei e a ordem é uma necessidade para que os objetivos nacionais possam ser alcançados. Os infratores devem ser punidos, e quando necessário a sua liberdade cerceada, mas é preciso que as garantias sejam respeitadas para que o processo não esteja marcado por vícios que podem levar a reforma da decisão. 

   O direito militar assim como os demais ramos do direito sofreu modificações com o advento da nova CF/88, que não afastaram a possibilidade da aplicação de punições quando comprovado que o militar praticou um crime ou uma transgressão disciplinar. A punição deve ser justa com base em provas que demonstrem a autoria e a materialidade do ato imputado ao acusado. Caso contrário, a pessoa deve ser absolvida com fundamento no princípio da inocência, que se aplica a qualquer ramo do direito, penal ou administrativo.